По кончине директора корпуса И. Л. Голенищева-Кутузова, на его место в 1802 году назначен член Адмиралтейств-коллегий вице-адмирал Петр Кондратьевич Карцов, опытный, боевой моряк, много плававший в наших и заграничных водах и участвовавший в сражениях Гогландском, Эландском и даже Чесменском, где он был в чине мичмана. Корпусная служба также была ему знакома, потому что он некоторое время заведывал штурманской ротой в Кронштадте и более трех лет служил офицером Морского корпуса. По личным своим достоинствам он пользовался заслуженным уважением всего флота. В первые годы своего директорства, может быть под влиянием энергичного Чичагова, Карцов принялся весьма деятельно за улучшение по разным частям своего управления: при нем решительными мерами уничтожена многие годы существовавшая между воспитанниками отвратительная, малоизвестная в настоящее время болезнь чесотка, происходившая от нечистоты одежды и помещений, исправлено все здание корпуса и построены новые флигели для служащих. Отличившимся на выпускных экзаменах давались хорошие награды - прекрасные секстаны английской работы и пр. В 1803 году около 20 гардемаринов для лучшего практического изучения морского дела отправлены волонтерами на английский флот, и впоследствии из числа их вышло несколько замечательных морских офицеров.